根据《国家税务总局关于印发<增值税纳税申报比对管理操作规程（试行）>的通知申报比对操作流程》（税总发〔2017〕124号）第六条规定，申报比对环节可以设置在事中或者事后，由省税务机关根据申报管理需要进行确定。主管税务机关通过征管信息系统或网上申报系统进行申报比对，并根据比对结果分别采取以下处理流程：
　　
（一）申报比对相符:申报比对相符后，主管税务机关对纳税人税控设备进行解锁。　　
（二）申报比对不相符:申报比对不相符的，向纳税人反馈比对不相符的内容，并按照下列流程进行处理：

  1.申报比对不符的，除符合本项第2点情形外，暂不对其税控设备进行解锁，并将异常比对结果转交申报异常处理岗。

  2.纳税人仅因为相关资格尚未备案，造成比对不符的，应当对税控设备进行解锁。

  3.异常比对结果经申报异常处理岗核实可以解除异常的，对纳税人税控设备进行解锁；核实后仍不能解除异常的，不得对税控设备解锁，由税源管理部门继续核实处理。

  4.异常比对结果经税源管理部门核实可以解除异常的，对纳税人税控设备进行解锁。核实后发现涉嫌虚开发票等严重涉税违法行为，经稽查部门分析判断认为需要稽查立案的，转交稽查部门处理，经处理可以解除异常的，对纳税人税控设备进行解锁。

  5.异常比对结果的处理期限，由主管税务机关根据实际情况确定。